펄스필드겔전기영동(PFGE)

안녕하세요!키에 꼭요.오늘은 최근 소개한 PFGE의 상세한 시험 방법을 가르치고 싶습니다!^^한번 PFGE에 대해서 간단히 소개하자면!PFGE(Pulsed Field Gel Electrophoresis)는 식중독 균별 유전학적 특성을 분석하는 유전자형 분석 법으로 일반적인 전기 영동 방법으로는 분리할 수 없는 거대 DNA을 분리할 수 있도록 한 방법입니다.PFGE실험은 Agaroseplug의 준비, 제한 효소 처리, 전기 영동, Digitalimagination과 크게 4단계로 분류됩니다.제작된 Plug으로 제한 효소를 처리하고 균 DNA의 특정 부분을 절단한 뒤 agarose gel에 전기를 걸고 DNA단편의 고유 패턴을 비교함으로써 유전자의 형질을 구분할 수 있습니다.또 Conventional Electrophoresis와 달리 PFGE는 전류의 방향을 지속적으로 변화시킴으로써 크기가 큰 DNA피스도 이동시킬 수 있습니다.본격적인 실험에 앞서서 준비해야 할 사항이 있습니다!-준비 사항 1)실험하는 순수하게 분리된 균을 혈액 배지 또는 Tryptic Soy Agar(TSA)등의 영양 배지에서 밤새 배양합니다.2)실험 대상 균주 외에 PFGE표준 균주(Salmonelabraenderup BAA-664)를 늘 함께 배양하고 Size Marker로 사용합니다.3)Shaking water bath(55℃)Stationary water bath(55℃)을 미리 준비하겠습니다.4)Plug Wash TEBuffer는 Stationary water bath에 미리 Warming(55℃) 놔둡니다.PFGE실험 법의 첫 단계는 Agaroseplug제작 단계입니다1) 밤새도록 배양한 균을 면봉으로 채취하고 Cell Suspension TEBuffer 2ml에 현탁합니다.

2) 현탁한 균을 Agarose와 섞은 후 Plug Mold로 분주히 굳힙니다. 이때 균은 Plug 속에 갇히게 됩니다.

3) 굳어진 Plug을 Lysis buffer에 넣어 반응시킵니다. 이 과정을 통해 균의 세포벽이 파괴되고 DNA가 Plug 내에 자유롭게 위치하게 됩니다. Lysis 과정이 끝난 Plug은 Washing TEBuffer로 Washing 시킵니다.두 번째 단계는 제한 효소 처리 단계입니다.

1) Plug을 1mm 크기로 절단한 후 균에 맞는 제한 효소를 처리한 후 설정된 시간과 온도로 반응시킵니다. 제한효소는 Plug 내에 위치한 DNA의 특정 부위를 절단하고 실처럼 긴 DNA를 적절한 길이로 만들어 줍니다. (제한효소에 대한 원리는 세니젠블로그의 ‘DNA extraction과 endonuclease’ 글을 참고하세요! – http://blog.naver.com/sanigen/221139163289) 세 번째 단계는 전기영동 단계입니다.

1) 제한 효소 처리가 완료된 Plug 절편을 Agarose gel로 굳혀 전기를 흘려보냅니다. PFGE는 전기영동의 angle, switch time, voltage, run time을 균에 맞게 설정할 수 있기 때문에 큰 크기의 DNA도 전기영동이 가능합니다. 다만 크기가 큰 DNA를 전기영동하기 때문에 run time이 12~22시간으로 긴 편입니다.드디어 마지막! 네 번째 단계로 전기영동이 완료된 젤을 image화시키는 Digital imagination 단계입니다.

1)전기 영동이 끝난 뒤, 염색 약에서 젤을 염색시킵니다.염색된 젤은 탈색 후 Gel Doc system에서 찍어 DNA band를 확인합니다.이렇게 4단계를 거치면 대장정의 PFGE시험이 완료합니다!오랜 시간 걸려서 완성한 PFGE의 결과가 어디에서 사용되는지 아십니까?PFGE는 국제적으로 병원성 세균 간의 유연 관계를 확인하고 추적하는 역학 분야에서 사용되고 균에 관한 유전적 정보를 체계적으로 축적하고 식중독 원인 규명 및 확산 방지에 활용되고 있습니다.또 식품 의약품 안전처 고시 제2017-57호)사항에 의한 균의 확인 시험 법으로서 이용할 수 있는 것 같네요 PFGE에 대한 질문은 좀 풀렸어요?본 세니젱은 식품 미생물 유전체 정보 분석 전문 기업에서 식중독을 일으키는 병원성 세균을 대상으로 각 균주에 최적화된 PFGE분석 방법을 이용하고 genomic information을 제공하고 있습니다.만약 PFGE에 관해서 다른 불분명한 점이나 문의 사항이 있으시면 언제라도 폐사 세니젱을 방문하세요^^ 고마웠습니다.^^1) 전기영동이 완료된 후 염색제로 젤을 염색시킵니다. 염색된 젤은 탈색 후 Gel Doc system으로 찍어 DNA band를 확인합니다. 이렇게 4단계를 거치면 대장정 PFGE 실험이 완료됩니다!오랜 시간에 걸쳐 완성된 PFGE의 결과가 어디서 사용되는지 아십니까? PFGE는 국제적으로 병원성 세균 간 유연관계를 확인하고 추적하기 위해 역학 분야에서 사용되고 있으며 균에 대한 유전적 정보를 체계적으로 축적하여 식중독 원인 규명 및 확산 방지에 활용되고 있습니다. 또한 식품의약품안전처 고시(제2017-57호) 사항에 따라 균 확인 시험법으로도 이용할 수 있다고 합니다! PFGE에 대한 질문은 조금 풀렸습니까?저희 세니젠은 식품 미생물 유전체 정보 분석 전문기업으로 식중독을 일으키는 병원성 세균을 대상으로 각각 균주에 최적화된 PFGE 분석 방법을 이용하여 genomic information를 제공하고 있습니다. 혹시 PFGE에 관해 더 궁금하신 점이나 문의사항이 있으시면 언제든지 저희 세니젠을 방문해 주십시오. ^^ 감사합니다! ^^’PFGE(Pulsed Field Gel Electrophoresis) 시험법’에 관한 게시글은 2022년 12월 23일 새롭게 개정된 내용으로 재업로드되었습니다.아래 링크에서 “PFGE(Pulsed Field Gel Electrophoresis) 시험법”에 관한 게시글을 확인해 주세요.이상, 세니젠이었습니다.PFGE(Pulsed Field Gel Electrophoresis)試験法 안녕하세요。세니젠입니다. 오늘은 PFGE 시험법에 대해서 알아보도록 하겠습니다. PFGE 시험법은 먹는 중…blog.naver.comPFGE(Pulsed Field Gel Electrophoresis)試験法 안녕하세요。세니젠입니다. 오늘은 PFGE 시험법에 대해서 알아보도록 하겠습니다. PFGE 시험법은 먹는 중…blog.naver.com